Структура Министерства по природопользованию и экологии Республики Карелия Республики Карелия утверждена распоряжением Главы Республики Карелия от 8 октября 2010 года № 795-р. Изменена распоряжением Главы Республики Карелия от 15 февраля 2017 года № 45-р.

    • Министр
    • Первый заместитель Министра
    • Заместитель Министра
    • Заместитель Министра
    • Ведущий специалист
    • Отдел федерального государственного лесного и пожарного надзора
    • Отдел государственного экологического надзора
    • Отдел правового обеспечения
    • Отдел по предотвращению нарушений лесного законодательства
    • Отдел экономики и финансов
    • Отдел бухгалтерского учета, отчетности и контроля
    • Отдел администрирования платежей
    • Управление лесного хозяйства
    • Отдел арендных отношений и государственной экспертизы
    • Отдел государственного лесного реестра и геоинформационных систем
    • Отдел использования и воспроизводства лесов
    • Отдел охраны и защиты лесов
    • Управление экологии и использования водных объектов
    • Отдел водных ресурсов
    • Отдел государственной экологической экспертизы и особоохраняемых природных территорий
    • Отдел охраны окружающей среды и обращения с отходами
    • Управление недропользования
    • Отдел лицензирования
    • Отдел воспроизводства минерально-сырьевой базы
    • Управление делами
    • Отдел государственной службы и кадров
    • Административно-хозяйственный отдел
    • Отдел делопроизводства и взаимодействия с общественностью

Всего численность 103 единицы. За счет субвенций из федерального бюджета - 75 единиц.