Структура Министерства природных ресурсов и экологии Республики Карелия утверждена распоряжением Главы Республики Карелия от 15 ноября 2017 года № 586-р.

    • Министр
    • Первый заместитель Министра
    • Заместитель Министра
    • Заместитель Министра
    • Заместитель Министра
    • Ведущий специалист
    • Отдел водных ресурсов
    • Отдел государственной экологической экспертизы и особо охраняемых природных территорий
    • Отдел охраны окружающей среды и обращения с отходами
    • Отдел геологии и лицензирования
    • Отдел развития горнопромышленного комплекса
    • Отдел правового обеспечения
    • Отдел экономики и финансов
    • Отдел бухгалтерского учета, отчетности и контроля
    • Отдел администрирования платежей
    • Отдел анализа и развития лесопромышленного комплекса
    • Отдел использования и воспроизводства лесов
    • Отдел арендных отношений и государственной экспертизы
    • Отдел охраны и защиты лесов
    • Отдел государственного лесного реестра и геоинформационных систем
    • Отдел земельных отношений
    • Отдел федерального государственного лесного и пожарного надзора
    • Отдел по предотвращению нарушений лесного законодательства
    • Отдел государственного экологического надзора
    • Отдел государственного охотничьего надзора
    • Отдел государственного мониторинга и использования охотничьих ресурсов

                    Управление делами:

    • Отдел государственной службы, кадров и противодействия коррупции
    • Отдел информационного и документационного обеспечения
    • Административно - хозяйственный отдел              

Всего численность 145 единиц. За счет субвенций из федерального бюджета - 98 единиц.