Республика Карелия принадлежит к числу субъектов Российской Федерации, наиболее обеспеченных водными ресурсами и имеет широко развитую гидрографическую сеть, принадлежащую бассейнам Белого и Балтийского морей, с общим количеством 23,6 тыс. рек и 61,1 тыс. озер. Об­щая про­тя­жен­ность рек состав­ля­ет 83 тыс. км.

Объем воды, аккумулированный в водохранилищах Карелии, равен 80,2 км3. Основная часть вод, содержащихся в водоемах, находится в бассейне Белого моря, где они представлены главным образом водами водохранилищ. Здесь расположено около 90% общей полезной емкости водохранилищ, регулируется 63% объема речного стока. В бассейне Балтийского моря поверхностные воды сосредоточены, в основном, в озерах, сток менее зарегулиро­ван и реки не столь водоносны.

Таким образом, обеспеченность Республики Карелии поверхностными водными ресурсами достаточно высока.

Все водные объекты в Республике Карелия – федеральная собственность.

Министерство по природопользованию и экологии Республики Карелия осуществляет следующие полномочия в  области водных отношений:

1. Разрабатывает и вносит в установленном порядке Главе Республики Карелия, в Правительство Республики Карелия проекты законов и иных нормативных правовых актов Республики Карелия в установленной сфере деятельности, в том числе регулирующие:

- вопросы установления ставок платы за пользование водными объектами, находящимися в собственности Республики Карелия, порядок расчета и взимания такой платы;

- перечень объектов, подлежащих региональному государственному надзору в области использования и охраны водных объектов;

- порядок использования водных объектов в местах традиционного проживания и традиционной хозяйственной деятельности коренных малочисленных народов Севера Российской Федерации;

2. Готовит предложения по вопросам участия представителей органов государственной власти Республики Карелия в деятельности бассейновых советов.

3. Осуществляет меры по предотвращению негативного воздействия вод и ликвидации его последствий в отношении водных объектов, находящихся в собственности Республики Карелия.

4. Организует проведение аукционов на право заключения договоров водопользования в части использования акватории водного объекта, в том числе для рекреационных целей в случаях, установленных законодательством Российской Федерации.

5. Осуществляет меры по охране водных объектов, находящихся в собственности Республики Карелия.

6. Осуществляет предоставление водных объектов или их частей, находящихся в собственности Республики Карелия, в пользование на основании договоров водопользования, решений о предоставлении водных объектов в пользование.

7. Участвует в организации и осуществлении государственного мониторинга водных объектов.

8. Осуществляет региональный государственный надзор в области использования и охраны водных объектов, за исключением водных объектов, подлежащих федеральному государственному надзору, а также за соблюдением особых условий водопользования и использования участков береговой полосы (в том числе участков примыкания к гидроэнергетическим объектам) в границах охранных зон гидроэнергетических объектов, расположенных на водных объектах, подлежащих региональному государственному надзору за их использованием и охраной.

9. Утверждает проекты округов и зон санитарной охраны водных объектов, используемых для питьевого, хозяйственно-бытового водоснабжения и в лечебных целях, при наличии санитарно-эпидемиологического заключения о соответствии их санитарным правилам.

10. Устанавливает границы и режим зон санитарной охраны источников питьевого и хозяйственно-бытового водоснабжения при наличии санитарно-эпидемиологического заключения о соответствии их санитарным правилам.

11. Осуществляет следующие полномочия Российской Федерации в области водных отношений, переданные для осуществления органам государственной власти субъектов Российской Федерации:

- предоставляет водные объекты или их части, находящиеся в федеральной собственности и расположенные на территории Республики Карелия, в пользование на основании договоров водопользования, решений о предоставлении водных объектов в пользование, за исключением случаев, указанных в части 1 статьи 21 Водного кодекса Российской Федерации;

- осуществляет меры по охране водных объектов или их частей, находящихся в федеральной собственности и расположенных на территории Республики Карелия;

- осуществляет меры по предотвращению негативного воздействия вод и ликвидации его последствий в отношении водных объектов, находящихся в федеральной собственности и полностью расположенных на территории Республики Карелия.

Указанные полномочия  в Министерстве осуществляет отдел водных ресурсов.